علی خمینی، نوه آیت الله خمینی با اشاره تلویحی به اعدام اعضای سازمان مجاهدین خلق که به طور عمده در تابستان سال ۱۳۶۷ صورت گرفت، گفته است: «أنان رییس جمهور، نخست وزیر و بسیاری از بزرگان کشور را ترور کردند، اگر بنا بود که امام خمینی همواره در مقابل این جنایت نرمش از خود نشان می داد که کشور پس از ۳۰ سال هم رنگ آرامش به خود نمی دید.»
علی خمینی از اینکه «عده ای برای منافقین دل می سوزانند» گلایه کرده و گفته است مجاهدین خلق «جنایاتی کردند که داعش آنها را نمی کرد.»
در سال های اخیر انتقادات درباره اعدام های تابستان ۶۷۷ افزایش یافته است. بر اساس خاطرات آیت الله منتظری، قائم مقام وقت خمینی در تابستان ۶۷ یک هیات چهارنفره شامل ابراهیم رییسی (معاون دادستان که اکنون تولیت آستان قدس رضوی را بر عهده دارد)، مصطفی پورمحمدی (نماینده وزیر اطلاعات که اکنون وزیر دادگستری است)، مرتضی اشراقی (دادستان تهران و حاکم شرع دادگاه ویژه روحانیت که اکنون بازنشسته شده و دفتر وکالت دارد ) و حسینعلی نیری (قاضی که اکنون رییس دادگاه عالی انتظامی قضات است ) مجوز اعدام هزاران زندانی مجاهد خلق را از آیت الله خمینی گرفته بودند.
ااقدام در واکنش به عملیات فروغ صورت گرفت. این عملیات نظامی تیرماه ۶۷۷ توسط سازمان مجاهدین خلق در غرب ایران شروع شد و توسط نیروهای نظامی ایران سرکوب شد.
گفته می شود در جریان اعدام های تابستان ۶۷، ۳۸۰۰۰ زندانی اعدام شدند. در جریان این اعدام ها صرفا اعضای گروه سازمان مجاهدین خلق اعدام نشدند. برخی از اعضای حزب توده، چریک های فدایی خلق و دیگر گروه های سیاسی نیر قربانی این انتقام گیری شدند که دو سال پیش از سوی دادگاه بین المللی لاهه به عنوان «جنایت علیه بشریت» توصیف شده است.
اعدام گسترده بر اساس نامه آیت الله خمینی به مجریان اعدام صورت گرفت. در این نامه آمده بود، «کسانی که در زندان های سراسر کشور بر موضع نقاق خود پافشاری کرده و می کنند، محارب و محکوم به اعدام می باشند.»
مهم ترین انتقاد مطرح شده به اعدام های تابستان ۶۷۷ این بوده که افرادی که در زندان بسر می بردند و اعدام شدند، قبلا به صورت غیر علنی محاکمه و محکوم شده بودند. آنها در طول دوران محکومیت خویش با تشدید مجازت مواجه و اعدام شدند.
علاوه بر این شیوه محاکمه مجدد این افراد نیز کاملا غیرقانونی بوده و افراد پس از یک بازجویی کوتاه مستحق مرگ تشخیص داده شده اند.
این انتقادها تنها از سوی بازماندگان این اعدام یا مخالفان جمهوری اسلامی مطرح نشده است. مصطفی تاج زاده، فعال اصلاح طلب با غیرقانونی خواندن این اعدام ها نوشت «پذیرفته نیست برای زندانیانی که محاکمه و محکوم شده اند، بدون ارتکاب جرم جدید، حکم جدیدی صادر واجرا شود.» او خواستار «پوزش خواهی و حلالیت خواهی» جمهوری اسلامی از خانواده های افراد اعدام شده در تابستان ۶۷ شده بود.
به نظر می رسد موضع گیری نوه آیت الله خمینی نوعی واکنش در قبال درخواست چهره هایی چون مصطفی تاج زاده باشد.
علی خمینی همچنین در موضع گیری تازه اش تلاش کرده است انتقام آیت الله خمینی از زندانیان مجاهدین خلق در تابستان ۶۷ را واکنشی به فعالیت های تروریستی این گروه در سال های قبل توصیف کند. این در حالی است که بر اساس روایت های تاریخی، اعدام های تابستان ۶۷ تنها منحصر به اعضای این گروه نبوده و یک واکنش ناگهانی بخشی از حکومت با پشتیبانی شخص آیت الله خمینی بوده که با مخالفت آیت الله منتظری نیز مواجه شده و بر اساس خاطرات او، افرادی چون علی خامنه ای، رییس جمهور وقت هم از آن ابراز بی اطلاعی کرده اند.
خانواده آیت الله خمینی در سال های اخیر تلاش ویژه ای کرده اند که تصویر یک رهبر اخلاقی، اجتماعی و قدرتمند از رهبر سابق جمهوری اسلامی به نمایش بگذارند. به طور معمول هر سال و در میانه خرداد و با نزدیک شدن به سالگرد مرگ آیت الله خمینی این تلاش ها شدت می گیرد. حسن خمینی، دیگر نوه آیت الله خمینی هم امروز در سخنانی، پدربزرگش را فردی مخالف تحجر و ترور معرفی کرده و از «توجه به رای مردم» به عنوان یکی از ارکان گفتمان آیت الله خمینی نام برده است.
علی خمینی نسبت به حسن خمینی شخصیت اصولگرایانه تری دارد. او در سال های اخیر بیشتر مورد توجه اصولگرایان بوده و گاه رسانه های اصولگرا تلاش کرده اند دوگانه علی خمینی – حسن خمینی را در خانواده خمینی برجسته سازی کنند. با این حال، نوه های آیت الله خمینی در دفاع از عملکرد پدربزرگشان تردید یا اختلافی ندارند، ولو پای اعدام چند هزار نفر در میان باشد. مرکز اطلاع رسانی جبهه دمکراتیک مردمی احواز علی بوعذار
